El origen de esta idea se encuentra en las inquietudes compartidas por la Universidad del Sur de Florida (USF) y la Universidad de Málaga (UMA). Fruto de las buenas relaciones entre ambas, en el año 2012 se firma un acuerdo de colaboración para la puesta en marcha de dos aulas homólogas, situadas en Tampa y Málaga respectivamente. El nombre elegido para estos espacios no podía ser otro que el de la intelectual malagueña María Zambrano, en honor a su pionera labor en el pensamiento transatlántico.

El 25 de octubre de 2013 el Consejo de Gobierno de la Universidad de Málaga dirigido por la rectora Adelaida de la Calle, acuerda en sesión ordinaria la creación del Aula María Zambrano de Estudios Transatlánticos de la Universidad de Málaga. El 2 de enero de 2014 es nombrado como director de la misma el Dr. Juan Antonio García Galindo, Catedrático de Periodismo. Posteriormente, el 1 de marzo de 2015 se produce el nombramiento de la Dra. Magdalena Martín Martínez, Catedrática de Derecho Internacional Público como subdirectora.

El Aula comienza su funcionamiento en el seno de las oficinas del Campus de Excelencia Internacional (CEI) Andalucía TECH, en el Edificio de Bioinnovación de la Universidad de Málaga en octubre de 2014, siendo presentada oficialmente con la celebración de la I Tribuna Transatlántica el 9 de abril de 2015. En el año 2017 el AMZET traslada sus oficinas al Edificio de Investigación Ada Byron en el Campus de Teatinos de la Universidad de Málaga, donde está situada actualmente. En 2021 entra a formar parte del organigrama del Centro de Estudios Iberoamericanos y Transatlánticos FGUMA-UMA.